Perintah Kolej Universiti Terengganu (Perbadanan) 1999 (PUA 292) telah diluluskan oleh Dewan Rakyat pada 26 Julai 1999. KUT adalah Kampus bersekutu UPM dan pelajar akan dikurniakan ijazah dari UPM. KUT telah diberi kuasa autonomi sebagai Kolej Universiti Terengganu pada 1 Mei 2001. Pada 1 Julai 2001 KUT dengan rasminya telah bertukar nama sebagai Kolej Universiti Sains dan Teknologi Malaysia dengan singkatan KUSTEM.
Bermula pada 1 Februari 2007 bersamaan 13 Muharam 1428 H, tercipta satu lagi sejarah dalam sistem pendidikan di Malaysia. Dalam usaha mengukuhkan kedudukan IPTA Negara, enam buah Kolej Universiti telah melalui penjenamaan semula kolej-kolej universiti. Kini KUSTEM di kenali sebagai Universiti Malaysia Terengganu.
